1994年的春江市，还没有那么多高楼，街面上最体面的是国营商场和几家新开的合资厂。那年春天，税务局稽查员欧阳旭（井柏然 饰）接到一摞薄薄的发票复印件——假发票，号码跳号，字迹同出一手，钱不多，破绽也不大，局里多数人觉得罚一罚也就结了。他偏偏不肯：一张假票背后，总有一个真的人在想占便宜。
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就是这摞纸，让他认识了两个人。一个是刑警严平安（孙艺洲 饰），做事利落，信奉”案子破了就行，别问那么多为什么”；一个是来春江寻妻的周海洋（张颂文 饰），在工地和码头之间打听一个突然消失的女人，身上带着那种被生活磨过、又不肯被磨平的钝硬。三个人在一间小馆子里吃了第一顿饭，桌上摆着案卷、两瓶啤酒和一盘炒螺。那晚他们识于微时，没什么身份，也没什么退路，只有一股共同的劲儿：这世上有的事，总得有人去弄明白。
此后几年，他们真的携手破了不少税案。虚开、伪造、倒卖、骗出口退税，套路一年比一年新，人也一年比一年精。欧阳旭钻条文，严平安抓人，周海洋最懂”底下的事”——哪家厂的账做得假，哪个仓库存的是空箱，码头上的规矩怎么走，他一看就明白。三个人配合得像一台机器，破案之后就在那家小馆子复盘，谁都说这段日子痛快。
但时代转得快。分税制改革、市场放开、外贸热起来，钱开始以另一种速度流动，也开始以另一种方式蒸发。三个人各自的处境变了，选择也就变了。欧阳旭还想守着那条线——条文不清就把它弄清楚，程序不对就推倒重来，他相信账目是能算清的，人也应该是。严平安越来越信”结果”：程序走三年，赃款早飞了，他要的是快、要的是抓得住；他并不是变坏，他只是被现实教会了妥协。周海洋则彻底沉进了另一片水里——他找了很多年，没找到妻，最后找到的是一张网，网里全是能办成事的人。他要活下去，要往上走，要让当年瞧不起他的人仰头看他。起初只是替人打点，后来是替人摆账，再后来，他自己就成了那个”能办成事的人”。
分歧不是一天炸开的，是一寸一寸裂开的。一次案子上，严平安用了一个”线人”换来的口供，欧阳旭发现那线人正是周海洋手下；又一次，周海洋请严平安”帮个小忙”，说是亲戚的厂子账目有点乱，严平安收了人情，签了字。欧阳旭把卷宗摔在桌上，问他们记不记得当年那盘炒螺的味道。没人回答。后来他们就不再一起吃饭了，走得越来越远，从朋友变成熟人，从熟人变成名单上互不出现的名字。正与邪的立场，慢慢在他们身上分出了轮廓，也分出了命运的轨道。
很多年后，”谷雨”行动启动。一场针对骗税网络与出口退税黑链的稽查风暴，从一张异常发票开始，顺着一层层的资金流、报关单、离岸公司、空壳企业往上摸，越摸越深，越摸越冷——因为摸到后面，摸到的不是账，是人。欧阳旭在专案组的名单上看到两个名字：一个是如今已坐到关键位置的严平安，一个是本地最有分量的企业家周海洋。
曾经的兄弟，成了如今的对手。周海洋已经不是当年那个在码头打听妻子的男人了。他有体面的公司、有慈善的名头、有一屋子的奖牌，有一张能把人拉进局里也能把人捞出来的关系网，还有一把深不见底的”保护伞”。他见欧阳旭的时候，仍旧叫一声”老欧”，仍旧谈起那年春天的小馆子，甚至仍旧会提一句”我老婆，还是没找到”。这不是演戏，这是他身上仅剩的、还热着的一块。他给出的条件很实在：账可以补，税可以交，人可以不查那么深，”大家都不容易，何必把水搅到见底”。
欧阳旭动摇过。动摇不因为钱，也不因为怕，而是因为情——因为那个女人还没找到，因为严平安的家里还有人要养，因为一旦掀开，倒下的不只是几个贪心的人，还有一堆被牵连的普通工人。但他最终还是把手按在了卷宗上。他明白了一件事：情理可以体谅，账目不能含糊。一张假发票看起来微不足道，可它连着税款，税款连着路、连着学校、连着医院，连着每一个老实交税的人。贪婪私欲就是从这些”小小的一张纸”里长出来的，长到最后，把整座城的水都搅浑。
于是较量一层层展开。查到第三层，有人来说情；查到第五层，有人递话来威胁；查到第七层，一个关键证人改了口供，一份关键账簿”意外”失火。严平安在某个深夜找到欧阳旭，两个人站在江边，很久都没说话。最后严平安说：”我签过字，我知道那是什么。”他递出了一样东西——不是求饶，是他自己留下的一份备份。那一刻，他们不再是正与邪的两端，而是两个人各自把良心摊开在夜风里。
“谷雨”落了整整四十天。雨过之后，几十家空壳公司注销，一批报关行停业，有人被带走，有人主动交代，那把”保护伞”一层层被掀开，露出底下湿冷的东西。周海洋在最后一间办公室里被找到，桌上还摆着一张旧照片：一个年轻女人站在码头边，风吹着头发。他没有跑。他只问了一句：”她还是没找到吗？”欧阳旭没有回答。有些话，法条里没有，情理里也答不出。
一场稽查风暴荡涤了污秽，春江的账目重新变得清楚。清明不是抽象的。它是每一家企业按规定开出的那张发票，是每一个税官在深夜仍然愿意多看一遍的卷宗，是三个曾经并肩的人，在各自的路上，终于承认了当年那顿饭里自己说过的话。谷雨是春天最后一个节气，雨下得最密，也最能洗净土地——下过这一场，夏天才真正开始。
